Die Organisationsstruktur des GRK stellt sicher, dass Entscheidungsprozesse unter Einbeziehung aller Mitglieder effizient ablaufen. Sie besteht aus den folgenden Gremien und Koordinatoren: Hauptversammlung, Doktoranden- und Projektleiterversammlung, Steering Committee, administrative Koordinatorin (Sina Krehahn), wissenschaftlicher Koordinator (Nico Hesselbarth), Thesis Advisory Committees und wissenschaftlicher Beirat.
Die Hauptversammlung vereint alle Mitglieder des GRK und tagt mindestens einmal jährlich. Zusätzlich dazu sind die Promovierenden in der Doktorandenversammlung organisiert. Mit der Projektleiterversammlung haben auch die Projektleiter/-innen ihr eigenes Gremium. Aus beiden Gremien werden jeweils zwei Vertreter/-innen bestimmt. Vertreter der Projektleiter sind aktuell Helmut Laumen, Nadine Bley, und Patrick Michl. Die Aufgabe der Doktorandenvertretung übernahmen seit 2023 Florian Otto und Juliane Blümke, letztere bis Mai 2025. Als PhD-Studierende der zweiten Generation sind Melanie Börner und Robin Rolnik seit September 2025 ebenfalls Teil der Doktorandenvertretung. Sowohl Projektleiter- als auch Doktorandenvertreter sind Mitglieder im Steering Committee, das sich weiterhin aus dem Sprecher Jonas Rosendahl, den stellvertretenden Sprecherinnen Monika Hämmerle und Ivonne Regel, sowie in beratender Funktion den beiden Koordinatoren Sina Krehahn und Nico Hesselbarth zusammensetzt. Das Steering Committee kommt einmal pro Monat zusammen. Die Thesis Advisory Committees, bestehend aus Projektleiter, stellvertretendem Projektleiter und wissenschaftlichem Koordinator, begleiten die individuellen Promotionsvorhaben und treffen sich zweimal jährlich.
Der wissenschaftliche Beirat besteht aus fünf international renommierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern auf dem Gebiet der Pankreaskarzinomforschung, die selbst keine Mitglieder des GRK sind. Im wissenschaftlichen Beirat sind vertreten:
Prof. Dr. Magdalena Huber
Philipps-Universität Marburg
Marburg, Deutschland
Prof. Dr. Dieter Saur
Technische Universität München
München, Deutschland
Prof. Dr. Anirban Maitra
MD Anderson Cancer Center
Houston, Texas, USA
Prof. Dr. Elisabeth Heßmann
Georg-August-Universität Göttingen
Göttingen, Deutschland
Prof. Dr. Francisco Real
CNIO Madrid
Madrid, Spanien